最準確診斷消化性潰瘍的方法是以內窺鏡檢查胃腸道上部；即利用光纖儀器探入胃腸腔內觀察食道、胃及十二指腸的粘膜，發現潰瘍或炎症病位。在懷疑病人也可以順帶了解出血原因，或摘取腸壁組織分析癌變或幽門螺旋桿菌的情況。另外還可用來觀察藥物治療後潰瘍康復情況。手術準備包括患者須於前天晚上10時後停服任何抗酸劑，同時事前6小時必須禁食。在進行時，醫生先將咽喉部麻醉，以防止嘔逆反應，然後將內窺鏡從口腔，經咽喉及食道探入胃腸腔，直接檢查病變部位。除了要局部麻醉外，醫師還會在30分鐘前要你服用一些藥物，包括減少分泌藥物及鎮定劑。

胃腸道上部的內窺鏡檢查圖

檢驗幽門螺旋桿菌方法有好幾種；包括組織檢查培養，檢血測試抗體，同位素呼吸測試，及糞便檢驗。現今同位素呼吸測試很常用，但某些藥物如抗生素，質子泵抑制劑，及bismuth subsalicylate都會令該測試顯示假陰性，注意應該在2星期前停服。

對於排除了非甾體類消炎藥(NSAID)致病因素的患者，數據統計有95%的十二指腸患者是由幽門螺旋桿菌致病，如你屬於這一類，醫生多數不作任何測試，而直接給你服用抗生素。一般都接受這種做法，認為很安全。