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明代醫家繼承金元時代提出的醫學主張，學術流派繼續發展。外科及創傷科有新進展，醫家們主張治療外傷疾病應內、外兼顧。明代有大量本草學及方劑學著作，其中又以個人編著者佔大多數。刊行數量遠較先前歷代為多，內容更豐富詳細。

清朝溫病學說有進一步發展，已經形成獨立專題。《醫林改錯》糾正了前人關於人體臟腑記載的某些錯誤。清朝考據風氣盛行，不少醫家對重要的古典醫籍進行了大量的考証與注釋工作。西方醫學傳入中國，開始了匯通中西醫的活動。