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秦漢時期各方面的醫學理論、體系亦初步形成了。哲學、社會價值觀及宗教對中醫藥的發展影響深遠。中醫藥的實踐開始注入哲學思想，例如道家的養生思想、儒家的行醫規範等等。師徒相授制度是東漢常見的培訓醫師方法。《神農本草經》是漢代的重要著作，亦冒出很多名醫。